مشكلاتقنواتمتروكه در محيط هاي شهری مشكلات عمده حضور قناتها در محدوده شهري نشست زمين و نيز انتقال آلودگي ميباشد. با رشد شهر ميل قناتها كه بعضاً قطر دهانه های آنها در سطح زمين به بيش از 5 متر نيز مي رسد معمولاً بصورت كنترل نشده با خاك و نخاله پر شده و بر روي آنها ساختمان سازي صورت می گيرد. ورود آبهای سطحي يا پساب شهری همراه با بارگذاري سازه ها به مرور زمان سبب نشست سطح زمين در بالاي ميل چاهها خواهد شد. همچنين اگر مجراى تونل قنات در عمق كمى قرار داشته باشد، ريزش تدريجى سقف قنات منجر به نشست سطح زمين میگردد. نشست زمين در فرودگاه بين المللي امام خميني كه مدتها بهره برداري از آن را به تعويق انداخت يا نشست زمين در محدوده ايستگاه متروي توپخانه از جمله مثالهاي نشست زمين مرتبط با قناتها ميباشد. از جمله مشكلات ديگر قناتها ميتوان به انتقال آلودگيهاي ميكروبي، شيميايي و عناصر سنگين اشاره نمود. قناتها پساب سطحي را گردآوري نمود و از طريق لايه هاي با نفوذپذيري بالاتر به سفره آب زيرزميني وارد ميكند. به همين دليل قناتهاي پايين دست شهرها و مناطق مسكوني آلوده هستند. بعنوان مثال دفن زباله هاي شهري در قنوات متروكه شهر كرمان باعث آلودگي آب آشاميدني به فلزات سنگين و ساير مواد شيميايي شده است. همچنين ورود فاضلابهاي خانگي، شهري و صنعتي به قنات زارچ يزد سلامت مردم را به خطر انداخته است.
علاوه بر اين قناتهاي متروكه با جمع آوری فاضلاب شهری و انتقال آن از طريق مسيرهای با تخلخل بالاتر به سطح آب زيرزميني مانع از تصفيه طبيعي فاضلاب شده و در تشديد آلودگي تأثير زيادی دارند.
رشد و گسترش شهر ها در چند دهه گذشته و عدم توجه به مسير قنوات که غالباً با خاكريزي كنترل نشده پر شده اند. اين پديده سبب نشست سطحي خاك و آسيب رسيدن به شبكه هاي آبرساني و فاضلاب و تخريب پي در پي آسفالت خيابانها و منازل مسكوني شده است. افزايش تعداد طبقات ساختمانها و بلندمرتبه سازي كه با ارزش يافتن بيشتر زمين در سالهاي اخير آغاز شده است، افزايش فشار بيشتري به زمين وارد مي كند و علاوه بر نشست در محل ميل چاه می تواند سبب ريزش سقف قنات و نشست زياد زمين و تخريب گسترده سازه ها گردد. نفوذ فاضلاب شهري به داخل قنات و مرطوب شدن ديواره نيز به ريزش سقف قنات و رسيدن آن به سطح زمين كمك خواهد كرد.
وجود قناتهاي متروكه از جمله مناطق مستعد فرونشست زمين در مناطق شهري مي باشد. اين پديده در شهر های بزرگی مانند مشهد؛تهران؛کرمان و... از اهميت زيادي برخوردار است. وقوع نشست زمين در خيابان هایی كه مرتبط با خاك دستي و ميل قناتهاي موجود در اين مناطق مي باشد زنگ خطري در اين خصوص مي باشد. با افزايش بلند مرتيه سازي و بزرگتر شدن فشار وارده به زمين خطر ريزش سقف قناتهاي كم عمق و نشست زمين افزايش مي يابد.